办理短期商务、探亲・访友签证之外的赴日签证，首先需由日本国内的邀请人（单位）在法务省入国管理局为签证申请人办理相关的“在留资格认定证明书”。
在留资格认定证明书自签发之日起有效期为3个月。签证申请人须在该证明书有效期内在所属日本驻华使领馆申办签证，并入境日本，逾期自动作废。申請需要通过大使馆所指定的代办机构办理。
请注意根据在留资格种类，申请签证时需要提交的材料也有所不同。
另外，根据签证审查的需要，有可能会要求提供其他补充材料。
| 在留资格 | 需要提交的材料 |
|---|---|
| 教授、艺术、宗教、报道、经营・管理、法律・会计、 医疗、研究、教育、技术・人文・国际、 企业内转勤、文化活动、研修、技能实习 | 无 |
| 特定活动（告示25号）（告示26号）*超过90天以上医疗为目的的长期滞留 | 1、医疗机构出据的预约诊断书 2、身元保证机构出据的身元保证书（样式可从外务省网站上下载）3、经费支付者的存款证明 |
| 特定活动（上述除外） | 无 |
| 兴行 | 1．合同书 2．个人简历 3．艺历证明材料 |
| 技能 | 1．雇佣合同书 2．个人简历 |
| 留学 | 1．留学调查表 2．学费支付者的在职证明 3．毕业证明书或毕业证书复印件 |
| 家族滞在、日本人配偶者、永住者配偶者、定住者 | 婚姻调查表 亲属关系调查表* |
※ 以结婚同居为目的取得在留资格认定证明书的申请，需要填写婚姻调查表。如果是以被抚养人身份与父母（或其一方）共同居住为目的，或是作为日本人的子孙等取得的在留资格认定证明书的签证申请，则需要填写亲属关系调查表。
200元（除此之外代办机构将收取一定的代办费，详情请咨询各代办机关。）